Dix ans se sont écoulés depuis la première rencontre d'Anakin Skywalker et de la reine Padmé Amidala. Le jeune Padawan la retrouve, devenue sénatrice, et tentant de sauver la République du chaos. Rescapée d'une tentative d'attentat, elle fait appel à Obi-Wan Kenobi, qu'elle charge de sa protection rapprochée. L'enquête d'Obi-Wan lui permet de découvrir l'existence secrète d'une armée de clones basée sur une planète isolée et la formation d'un groupe de séparatistes dirigés par le chevalier jedi Dooku. Pendant ce temps, Anakin raccompagne Padmé sur Naboo. Il lui avoue son amour grandissant mais elle le repousse en lui rappelant qu'un jedi ne doit pas se laisser aller à de tels sentiments...